■封印空间
现在NERV JPN总部中央的开口处虽然被改造成漂亮的圆形，地面设施在外围以同心圆铺设的数条轨道上缓缓绕行着，不过这原本是在三年前的NERV总部战时，地下都市的天花板遭到多架量产型EVA打破所造成的缺口，如今能从这个开口处看到众人称为石棺的半球型水泥顶棚。石棺下方是别说相关人员，就连NERV上级人员都严格限制入内，设有多重隔离、屏蔽的封印空间。
而内部则是在三年前的人类补完计划失败时，莉莉斯以自身为中心产生的时间停滞空间。是包含当时的基地司令碇源堂与技术部主任赤木律子在内，扩张成巨大蛋型吞噬掉一百五十名以上的职员与数十名战自特种部队队员的异常领域，尽管到现在都还尚未查明这是个怎样的领域，但内部恐怕就连一秒钟都没有经过的推论是目前统一的见解。
表面毫无起伏，就如同镜片一般光滑，但是照不出任何影像，完全没有反射光线。就像那里的景象被以曲线剪下一样，就连是位在前方还是后方都看不出来的漆黑存在。周遭的废墟被设置在这里的大量光源照亮，只要走在其中就能隔着漆黑球体的圆顶看到对面的废墟，这时才总算是让人产生了这个以曲线区隔空间的黑暗是个球体的真实感，这就是如此异常的景象。
「律子……加持他……加持变成另一个人了……只有身体还留着——喂，律子——我……我该怎么办才好……！」
呢喃到最后哽咽起来的话语打破寂静，美里就像是被梦话惊醒似的猛然回神，连忙擦拭脸颊上的泪水。
——我在搞什么啊……居然跑到这种地方来——
这种事哭又没有用——
她很清楚。但是却不想离开。
目前能够不经任何人的许可，不被任何人发现地走进封印空间的人就只有美里，而她也只剩下这个地方能够哭泣了。她坐在地上，从二十四小时监视着漆黑巨蛋的观测摄影机死角眺望着漆黑的球面。
——救救我……
等注意到时，她已经握有包含EVA运用权在内的好几项绝对权限。
NERV JPN总司令。只要回到地上，只要她还挂着这个头衔，不论在任何地方，所有人都会带着特别的紧张与恐惧关注着她的一举一动，等待着她所发出的下一道指示。
——这样的自己却哭了——
这就连她自己都大感意外，如果是在三年前的话，她认为自己就算面对加持的死亡而产生动摇，也还是会采取下一个行动。然而现在的美里却停下了脚步。
说出她不该说的话语。
「世界会变成怎样都无所谓了。」
这是她第二次这么想。第一次是在南极的启示录过后，就只有她独自存活下来的年幼岁月。
「我好想见你喔，加持……」
「那就去见他吧。」
随着这道声音的出现，空气沉重地震动了一下。
「！」
她吓得魂飞魄散，松开抱住膝盖的双手往后撑住地面，整个人向后跌坐。
眼前是穿着黑色旧款战斗服的绫波零No.卡特尔，而在她背后单膝跪着的0·0EVA用巨大身躯覆盖住上空，低头俯瞰过来。
——她是怎么出现的……！……这个地下空间是完全密闭，而且随时受到监视……
就像是被推挤开来似的，她们周遭的建材粉尘默默掀起轮状的烟雾。
NERV JPN最深处与自己的内心深处同时遭到侵犯，尽管美里吓得脑袋一阵晕眩，但也还是立刻思考分析起眼前的状况。
天使载体还有卡特尔的0·0EVA变异体，一连串的敌人突然出现又突然消失。根据状况证据、交战驾驶员的感觉，还有技术部的推测，与QR纹章相关的存在极有可能空间转移的报告略过脑海——
——转移……是能这么安静且不产生任何放射能就办到的事吗……？
EVA卡特尔机〈0·0EVA〉的变异体。与绫波零No.卡特尔一同抗命逃亡而受到敌对认定的巨
「你能自由出现在想去的地方呢。」
一双红眼眨了眨后说道：
「我不记得曾到过想去的地方，就只是置身在洪流之中。」
「洪流？」
「我看到欧盟的EVA出动，也看到许多国家在寻找方舟。可是大地在摇晃，世界就只是不停地倾向末日——等注意到时，我就已经回到这里了。」
「为什么？」
「碇司令就在这里头……要是我也能一起溶入这片黑暗中就好了。」
她提到这个名字，让美里了解到一件事。尽管卡特尔终究是以她自己主观的观点讲话，但她所说的全是事实。
「葛城司令，你就算哭也没关系——毕竟世界已经结束了……不过。」
「什么！」美里连忙擦拭脸颊，卡特尔朝她走近一步。
「已经没时间欺骗自己了，美里有自己真正想做的事……应该现在就去做。」
「上头那个『整合的我』就没有这种东西。」
——谁？是在指特洛瓦吗？
美里自从得知加持的异变后就变得魂不守舍，连时间的感觉都很模糊。
「你并没有实体——只要这样威吓，她就会轻易被『混合妥协的我』的残像夺走身心消失了。」
绫波零No.特洛瓦在北海道的事件中没办法出击。美里有印象收过摩耶对这件事的报告。报告中指出零No.珊克的死亡对特洛瓦所带来的冲击，或许不只是经由精神镜像连结让她感受到死亡的打击，还让她将自己的精神让给了已经死亡的珊克——意思是卡特尔跟特洛瓦接触过了吗？就跟良治变成了SEELE一样，就像是把心灵覆盖掉一样！美里生气的开口反驳。
「人类的心灵才不会这么轻易地，这么轻易地被夺走！——我可是……！」
「如果想确认，就该这么做。人类已经没有时间了。」
以变成异形换取漆黑之力的0·0EVA朝着美里伸出左手，扭曲变形的装甲随着动作嘎吱响起。
■轰然的振翅声
真嗣感觉到附近有某种鲜明的气息……
——是对新装备的测试感到紧张吧。要专心——
「摩耶小姐，这个振动是？」
才刚这么问，真嗣就注意到这个振动是从自己体内传出来的。
他目前正在第二整备室中，能稍微俯瞰超级EVA头部后方的甲板上，坐在由插入栓安装臂固定住的模拟插入拴里头。
超级EVA在加装上摩耶称为盘旋天际的小羽翼〈Vertex之翼〉的飞行组件后，就在上午的飞行测试开始之前，以标准武装的状态反复进行着最后的模拟测试。
「振动？超级EVA这边没有侦测到任何反应……还有其他能监测的部位吗？」
摩耶目前正戴着罩住肩膀以上部位的思考保护装置，借由电磁方式干扰脑波附近的波长隐蔽自己的存在，待在超级EVA里头。因为超级EVA就连在维修时都不会停止运作，随时都有可能遭到精神污染。尽管不想让人看见而穿着白大衣遮掩，但她底下其实还穿着战斗服。这是因为现行版本的战斗服在防止过度同步上有相同的屏蔽构造，由于不知道这种穿着会对最佳化的指令信号造成怎样的影响，她才把仪器搬进插入拴里直接进行监测……
「抱歉，摩耶小姐，是我误会了……」
「——等等，超级EVA也开始振动了，是心跳声以外的微幅振动，就像在颤抖一样……」
整备室啪啪啪啪的连续响起不同于超级EVA心跳声的巨大声响。而声响的间隔还愈来愈短，最后变成昆虫振翅般的嗡嗡声响，在整备室里响彻开来。
——静态测试出现这种状况也太奇怪了！
真嗣扯掉贴在身上各处的感测器连接线，立刻冲出模拟插入拴。
「哇！」真嗣看到飞行组件散发着有如极光的相位光，超级EVA把手放在左右两侧的维修突堤上，就像是要把突堤推开似的嘎喳嘎喳地施加力道……
——叽叽叽叽，砰！
拆掉了。但超级EVA还是没有停下来。
「摩耶小姐！……启动了！动起来了啦！超级EVA！还有飞行组件！」
飞行组件发出的巨大声响从类似昆虫的振翅声开始不断提高频率，最后超越刺耳的程度，成为直接在脑中响起让人难以忍受的声响。
真嗣摇摇晃晃地敲下柱子上的警报钮——
「大家快逃离整备室！超级EVA擅自动起来了！十五秒后将会执行酚醛树脂固定……！」
真嗣以不输给警报的声量大喊，但是这种处理方式会有用吗？
「你就是我吧！别擅自乱动！——摩耶小姐赶快离开EVA！」
糟糕，没听到回应——是线路的哪个部分断掉了吗？就算真嗣想跳到眼前正在乱动的超级EVA的插入拴顶盖上，但要是没跳好就会从EVA肩膀的高度坠落……！
他犹豫着。但是大腿部分的固定锁就快松脱了，要跳的话就只有现在——
——砰铿！脚下的甲板倾斜。油压松脱的大型作业臂险些砸到真嗣，擦过他身边把甲板压垮了。
虽说超级EVA跟自己是一心同体，但要是自己死掉的话会怎样？不对，要这么说的话，自己早就经历过被绫波No.卡特尔的0·0EVA用伽马射线雷射烧死，就连肉体形状都失去的物理性死亡了。现在的身体据说是跟着超级EVA的高次元宇宙之窗的心跳声一同出现的再生物。只要离开超级EVA就会在量子层面上变得不稳定、不确定的自己，会因为一般的死亡概念死去吗？
——不管了，现在重要的是……！
真嗣朝着超级EVA跳去。
一面被失控的超级EVA甩动，一面直接拉出外部装甲上的把手排出插入拴，但如今的初号机不会因为这种事就停止运作。自从得到心脏后，超级EVA就不再停止运作了。真嗣连滚带爬地进到插入拴里。
「真嗣！」
「摩耶小姐，不好了。」他瞥了一眼体内讯号监测器上被警报显示填满的萤幕，朝着光是撑着身体就竭尽全力的摩耶说道：「总之把视野给我。」
「我不知道为什么会突然连线喔。」
摩耶从中央控制台上拔掉资料记录器的缆线后，挡住视野的大量视窗就陆续消失，显示出整备室内的惨状……
「……看来我是下不去了。」摩耶说道。
酚醛树脂的洪流开始灌入。
「？」——前方装甲墙上的检修通道有人……！
就要他们快逃了！……是穿着黑色旧版本战斗服的——绫波！
——是卡特尔！怎么会——真嗣正想确认，视野就随着咭吱咯吱的树脂破裂声响突然上升，视线追丢了那道人影。
不将灌入脚边后瞬间硬化，应该能阻止自己行动的酚醛树脂放在眼里，超级EVA破坏掉硬化的树脂后把脚抽出，爬上酚醛树脂的硬化液面。
「是我看错了吗？再怎么说也……」
比起似乎看见了的人影，现在最重要的是设法阻止超级EVA。
「真嗣！」摩耶挪动着身体要把座椅让给他。
「摩耶小姐，坐好！」
她将目前所能想到的所有抵御精神污染手段都穿戴在身上了，所以摩耶的讯号不会传给EVA，EVA的意识也被阻绝不会传给摩耶。但要加以比喻的话，就只是类似利用噪音让人听不到其他声音的干扰手段，真正意义上隔绝精神波的技术目前尚不存在。
「不好意思。」真嗣扯掉摩耶披在战斗服上的白大衣。
「呀！」
将摩耶的肩膀按在插入栓座椅上后，背后就响起喀嚓一声把她固定住。尽管摩耶一脸埋怨地看着真嗣，但要是不固定住身体而让她摔到前方〈高深度侧〉的话，可无法保证她这身装备能够让她免于精神污染。
真嗣站在插入拴座椅旁用推摩托车的姿势握住把手。
两人感到背后传来一阵轻盈的飘浮感，陷入混乱的超级EVA打算飞起来。
得设法控制住——没办法。
「我要注入LCL了哟。」
「……OK，请吧。」
当LCL充满插入栓时，首次进行LCL呼吸的摩耶果然很难受的样子。
不过这样EVA与搭乘者就能够直线性的传达感觉，让因为超级EVA陷入混乱而中断的感觉部分主导权转移到真嗣身上，这才终于恢复了与指挥所的通讯。
『真嗣！给我说明状况！』
「在……在搞破坏！」
「什么！你何时变成这种坏孩子了！」
「是超级EVA啦！酚醛树脂的拘束失败，飞行组件启动，所产生的光芒把接触到的东西接二连三地破坏掉！摩耶小姐也跟我一块在插入栓内！」
『能把组件炸掉，强制分离吗！』
一脸难受的摩耶摆出叉叉手势。「摩耶小姐说没有反应！」
『那就别给我乱动！』
「就要飘起来了啦！」
■既脆弱又危险
超级EVA的悬浮机关跟EVA贰号机还有EVA EURO II使用的重力子Allegorica系统不同，是利用绝对领域在空间中制造出疏密差，然后飘浮在这个缝隙之间。
这是曾冠上试验机编号的初号机F型所试图取得的，领域偏折技术的预定目标之一。不过旧初号机只能在瞬间产生所需的绝对领域，没办法持续维持，所以没能成功飞行，只有实验资料累积下来，不过这次靠着超级EVA超乎常规的领域力量，总算得以实现了。
将贰号机变成天马的Allegorica之翼目前正在第一整备室建造预定要给F型零号机装备的部分，但由于光是机翼部分就用到2N反应器、重力子控制以及空间相位干涉技术等等，而运用到这些综合技术的部件就连数量也比EVA本体还多，实在不是能仓促赶工出来的东西。
相对于这对豪华的巨大机翼，超级EVA的小机翼则被摩耶说是「只有粗暴者能让它飞起来的人力飞机」。这句话是相对于人类技术结晶的Allegorica，她身为技术人员对强行扭曲物理法则达成目的的EVA——特别是超级EVA那不讲理的构造与力量所发出的埋怨。不过就连无法理解这种心情的真嗣，也在建造超级EVA那就只是把领域诱发板并排起来的小机翼时，也觉得这看起来就像纸飞机一样。
——要持续产生高输出的领域，也就是说，能不能飞全看超级EVA与真嗣的努力，这说不定真的是人力飞机。能靠这种东西追上在登月途中下落不明的明日香吗？——
可是——当机体终于升空时，双脚已经——
「撑……撑不住了……！」
——叽——！
这是超级EVA的脚尖横向打滑，从硬化的酚醛树脂液面上划过的声音。
——浮起来了！可是……「糟糕！」
机体不稳的超级EVA接连撞上周遭的墙壁与结构物，而超级EVA的小机翼虽然散发着柔和的干涉光，但一接触到被那光芒扭曲的空间，整备室的设备就随即在激烈的相位差之下振动，扭曲，粉碎了。
『壁面的耐久值到极限了！整备室就要垮了。』日向的声音说道。
真嗣用超级EVA的手到处乱抓想保持平衡，但超级EVA却不停乱动着，怎样都不肯让他进行细微的操控。最后胡乱抓到的长长圆柱状物体，也没有经过太大抵抗就松脱了——是EVA EURO II的十字枪。
「真……真嗣！」
在听到摩耶的叫喊抬头后，超级EVA就朝着整备室的天花板摔了过去。
■飞向天际
在减震结构上分属不同建筑的指挥所没受到太大的冲击，厚重的装甲墙也隔绝了声音，不过在等待后续消息的片刻寂静后，有人大喊了一声「在外面」。
切换到主萤幕上的基地户外监视器显示着撞破地面装甲飞出来的超级EVA——
「还来啊！就不能正常地出来吗！」
「可是……太厉害了，在飞了耶。」青叶说道。
「要飞也预定是今天下午的事！而且应该是在芦之湖的漂浮平台上，这样破坏设施……那个笨蛋……以为是谁要从哪里争取预算啊！」
在这种场面下率先喧哗起来的少年，在这短短期间已经完全是代理副司令的样子了。让青叶与日向在这种紧急情况相视窃笑着。
即使说得好听点，超级EVA的状态也完全称不上是在飞的状态。不仅头下脚上，机体还在空中不停打转。
摩耶在习惯呼吸后提出建议。
「真嗣，把Vertex之翼开到最大，让翼幅展开。」
「好……好的。」
可折叠结构的翼尖稍微往左右两侧伸长，让领域诱发板的外侧远离EVA，而这细微的变化让不小心造成的旋转平缓下来。
「啊……可以能控制运动了？」
「不是喔，动作愈是稳定，机体反应也应该会变得愈是平稳缓慢，这就只是让平衡娃娃的长度变长，是小学生程度的理科呢，这样会降低机动性，所以请视情况斟酌使用。」
摩耶随便用拉丁语命名冠上顶点——天空的旋风，盘旋的天之顶点——这个名称的机翼在之后成为正式名称时，因为行政方面的疏失使用了英文拼音登记，所以让它跟超级EVA合称为超级EVA顶点，或是Vortex EVA。
卡特尔看到了这一幕。「那对羽翼会刺激到他吧。」
■漆黑的意思
「第二整备室暂时不能用了。」
「……瞧他干的好事。」
在搔着头的冬二背后——「咦……？」
冬二在听到声音转头后，就看到紧贴着他抵达指挥所的小不点绫波No.希丝发着抖，突然露出遥望远方的神情。
「真嗣，设法停留在火山臼上空，要是飞出去的话，会惹来许多麻烦事喔。」
主萤幕画面上的超级EVA持续失控飞行着，冬二一面注意着画面上的情况，一面用脚把附近的椅子勾到希丝身旁，而她则是轻轻坐了上去。
「怎么啦，身体不舒服吗？」
——冬二就在这时发现异变。希丝身旁跟着一个约五十公分的圆形N型机器人。这个现在一人一个跟在绫波们身边的生物监测装置，在发出情报接收过量的错误提示音后，冒着烟横倒在地上。
附近的工作人员这时才总算是注意到这件事朝希丝冲去，不过被冬二制止了。
「等等！」他对这个状况有些头绪。
「这是那个吧……？赶快录影！」
就在众人询问理由之前，希丝开口了。
「——此乃……禁忌……不被允许之事……人类——
当生命……还是生者……之时是禁止……拥有翅膀的。」
知道以前也曾发生过这种情况的人顿时脊背发凉，注意到宣告将再度来临。
巨人——漆黑的阿尔玛洛斯再度经由绫波之口说道。
「束缚于……大地之上，永远地……挣扎——彷徨下去……才是人类所被允许的姿态……是命运。」
冬二当机立断。
「……向联合国及日本政府、相关单位发出第一级警戒警报。」
「咦，可是还没有任何具体的……」
「无所谓，要是能在发生什么事之前争取到时间的话，就算我们运气好，然后再次请葛城总司令过来一趟……」——他环顾周遭一圈。
「全都市战斗区域，准备防卫战！」
高中生下达的命令没有被立即执行。日向以响彻整个楼层的声音喊道。
「目前葛城总司令不在，铃原代理副司令拥有命令权！立刻去做！」
■三加五
从绫波们的调整室飞奔而来的医护人员们将仪器装在希丝身上，开始监视着她的身体监测装置。
「人类……禁止——取得翅膀。」
希丝不时颤抖着娇小身躯喃喃说道。
希丝恐怕是经由绫波之间的镜像连结感应到卡特尔，而卡特尔则是透过阿尔玛洛斯植入0·0EVA的QR纹章接收到阿尔玛洛斯的意志，代替它说出这番言论。
「说什么禁止拥有翅膀……真是莫名其妙，人类早就拥有航空技术，EVA也打从三年前的量产型开始就会飞了，如今也有两架装上机翼的EVA在运作当中耶……？」
「超级EVA是特别的吧，或是说，那家伙至今为止，虽然引发了许多天灾地变，但登场原因本身就是对超级EVA获得心脏的反动。」
「你说得就好像超级EVA是人类的代表一样。」
冬二一面听着操作员们的窃窃私语，一面关注着武装都市的展开过程……尽管想出动第一整备室的F型零号机，但希丝变成这样，特洛瓦恐怕也……更何况他还想起特洛瓦目前的情况很复杂，不过现在是紧急时刻。冬二直接问道：
「喂，绫波！我不知道你现在是珊克还是特洛瓦，但有办法回话吗？」
『我可以出动。』
「喔……？——喔喔！」
以为还待在房间里的绫波No.特洛瓦，位置标记早已移动到F型零号机的整备室大门前，在闪烁的标记旁以通讯视窗显示出影像的她跟现在的摩耶一样，同样戴着思考保护装置。
「原来如此……干得好啊！」
「这样似乎就能防止意识被阿尔玛洛斯的思考拉走了，只是要戴着这个把同步率提升到可运行领域，大概会很辛苦。」
「摩耶小姐？请立刻试算要将思考保护强度调降多少，才能在防止阿尔玛洛斯的心理接触与操控EVA之间取得平衡……啊，她人现在不在这啊！」
「我来做。」日向说道。
如果按照以前的体制，如今应该要先出动情报部的监察室对绫波进行漫长的安全性测试，确定是否能再度信任她的行动，但冬二却将这些程序全都跳过了。相当随便呢。日向虽然注意了到这件事，却不可思议地认为冬二下达的灵活判断是正确的。
「对了绫波小姐，我该称呼你特洛瓦吗？还是珊克？或是三加五等于八？」
为了不与其他的编号称呼混淆，才以法语读音称呼复制绫波系列的编号。
关于绫波零No.特洛瓦的肉体也许被在地球与月球之间死亡的No.珊克覆盖的说明，冬二也收到了通知。这种机智表现确实是珊克吧，也具备她那略带成熟的表情。然而，那份成熟感却忽然消失了。
「……不要叫我八……」
只不过是无关紧要的话题，绫波却不知为何作出这种反应，让冬二稍微吓了一跳。
——为什么啊……？
「啊。」八的法语读音跟真嗣母亲的名字——唯很像，这让冬二有了头绪……
「你现在是特洛瓦吧。」
尽管通讯在她回答之前就切断了，但冬二看出特洛瓦依旧存在于成为珊克的绫波零No.特洛瓦体内。
「说什么没个性，这不是很能自我主张嘛。」
绫波的标志移动到F型零号机的标志上，显示状态换成「搭乘」。
■敌性讯号蓝
从神秘的漆黑存在传来的讯息不断重复着，NERV JPN设法做好迎击准备。
即使真嗣想让超级EVA降落，但超级EVA却到处乱飘，怎样也不肯降落，在上空绕行着进行名义上的巡逻。
虽然超级EVA曾经因为自身的凶暴性与反应连锁性，无视于真嗣的思考地自行动作，但目前这种无法操控的状况很奇怪。
真嗣为了在这种不自由的状态下准备战斗，握起左肩携行轨上的Powerd 8卡宾枪——本打算举起左手，右侧机翼的领域却忽然分散减弱，让超级EVA在空中打转起来。
「哇！」
「你在做什么啊！」摩耶抗议起他的粗暴操控。
——刚刚那是什么？
稍微动了一下，这次是左脚做出反应。
「摩耶小姐，手脚与机翼的感觉与操控不停地在互换，也感觉不到规则性——」
「你说什么？」
插入栓内的水中扬声器传来绫波的声音。
『永远地……在地面世界……大地之上不断彷徨……是人类的命运……』
「是特洛瓦吗？」摩耶询问着，而真嗣则是露出「糟糕！」的表情。
果然不是他看错，是真的在那里。发讯源非常近，IFF识别〈敌我识别〉已被改登录为敌对的那架EVA是——「紧急呼叫CP！侦测到卡特
日向回道：
『真嗣，这边No.希丝已进入恍惚状态。跟以前阿尔玛洛斯在月球经由No.卡特尔让No.特洛瓦传话时的状态相同。』
「不好意思，日向先生，其实我在飞出整备室之前，看到了穿着黑色旧款战斗服的绫波。原本以为是我看错了……但就在附近，卡特尔和0·0EVA一起待在基地设施的某处，可恶，反应受到干扰，基地里到处都是她的气息……！」
就在这时，真嗣在即将飞越的NERV总部设施中央，圆形开口处里头的半球型石棺上看到默默伫立的0·0EVA变异体。居然偏偏在那里——
「呼叫CP！发现目标！就在中央石棺上头……」
就在接获通知的指挥所乱成一团时，真嗣注意到零No.卡特尔站在0·0EVA变异体的肩膀上仰望过来。
——真嗣在无意识中将穿着黑色旧款战斗服的卡特尔的影像放大——
……卡特尔指着什么，会是什么？
开口处底部的半球体位在比EVA的身长还深，比芦之湖的湖面还低的位置，卡特尔实际所指的方向上就只有地下设施的壁面……
——不对，她是指更远的地方——
仰望过来的卡特尔动着嘴唇，插入栓内的水中扬声器再度传来她的声音。
「当人类——人还活着之时，不能获得翅膀……获得——解放——
——这是在说你喔，碇同学。」
「CP……基地南方有没有出现异常！」
『超级EVA，请专心对付卡特尔。』
卡特尔接续道。
「他已经看到了，透过我的眼、0·0EVA的眼——看到了你想获得翅膀的模样，登月的第二适任者有这么重要吗？」
「没办法攻击那个位置。」
指挥所里众人议论纷纷，争论着要怎样才能让卡特尔EVA离开半球体上方。因为他们无从判断地下的时间停滞球到底发生了什么事。
「绫八！能从驹岳射击哨看到基地石棺半球体上的卡特尔机吗？有办法攻击吗？」
『看不见但有办法攻击，只是半球体也会跟着遭到破坏。』
「这可不行……！在整备室里从下层隔着地层向上射击都还比较好吧……」
但无论如何，都不想让绫波攻击绫波……
『CP！冬二！快侦察火山臼的南侧！』真嗣最后大吼起来。
不过，回答的人却是F型零号机的绫波。
『驹岳射击哨也确认到了。南方，大观山右山脊上有Unknown 2〈两个不明目标〉。』
——咦？——乱哄哄的指挥所顿时鸦雀无声，众人纷纷注视起萤幕。从基地的位置看去，在隔着芦之湖的对岸，过去因为战斗改变过好几次地形的山脊上站着两道影子。
不对，那不是影子，而是漆黑。
「黑色巨人……」
「等等！阿尔玛洛斯应该在月球上吧……！而且还两只……！」
「侦测不出图形！探测波全都没有反应！」
又是毫无任何前兆，也没观测到放射物质就突然出现。
「冷静下来！外型跟阿尔玛洛斯不同！应该有两片的背板却只有一片，大小也跟EVA差不多，阿尔玛洛斯要大得多了。」
青叶朝着这么说的日向回答。
「但一眼就看得出来他们有关系吧，要我跟你打赌也可以喔！」
黑色的两架动了。
「Victor 2与3出现变化！」
总之先以MAGI分配的编号称呼。此时的Victor 1是指卡特尔的EVA。最近的敌人主要是冠上代表目视发现的V编号，先以雷达侦测到而冠上R——Romeo编号的敌人则为数不多。尽是些棘手的敌人。
两架黑色巨人在山脊上接近对方，将彼此背上的板子合在一起。
——咚——……！
有如钟声般令人不寒而栗的碰撞声，不对，这不是一般的声响，就连受到厚重装甲保护的指挥所都响起了这道声音。
「怎……怎么了？跟伊斯拉斐尔一样是双个体分离融合型吗？」
——轰隆隆隆隆——
不过这两架巨人并没有融合，而是在发出地鸣后再度分开，只是当他们合在一起的背板分离时，背板后方出现了与芦之湖南方截然不同的风景。那是——夜晚？或是傍晚的昏暗风景……随着两架巨人分开，背板后方的景色也扩展开来。
「……影像？」
——轰隆隆隆隆——地鸣就像正拉开一道巨大铁门似的持续响着。
随着另一个世界的风景拓展开来，两架黑色巨人的身影就像自身的色彩也被拉长似的，变得愈来愈淡……
——轰隆！
站着的所员全都忍不住想抓着什么东西。这道振动带来的冲击，让在场众人全都理解到大门澈底开启了。地面再度微微响起。
「……V2、V3消失——？」
当前的危机解除了吗？但奇妙的风景「窗口」还留着。
昏暗景色的深处摇曳着柔和光芒，光波自窗口涌来，溢出温和的空气。
「南岸警卫哨紧急呼叫CP！两名观测员——突然结晶岩盐化了！警告！光……还有风……甘甜香气的——」
啪沙一声，画面上的警卫变成一道白柱崩溃，指挥所各处响起小小的悲鸣声——
「什么！」异变的影响自「窗口」朝第三新东京市以扇状展开。
「！有十五个户外监视所失去消息！」
「快……快让外头的人进到屋内！」
冬二大喊之后，随即反应过来的日向与青叶就朝各处下达更为详细的指示。
「全体所员立刻前往污染防护区域！全隔间墙关闭！将设施内的气压加压到正压！」
「通知全市不要直视那个『窗口』发出的光……！」
——冬二脑中闪过在欧洲发生的，让一百六十万人口化为盐柱的浩劫——
就在这时，真嗣告知了更大的危机。
『CP！有东西出来了！』他才刚喊道，敞开的「窗口」就跳出三只天使载体。而且还是长着翅膀的——新型。
都市的武装区域开始轰隆开炮，连同火山臼南壁的山岳一起轰炸出现的天使载体群。不过它们却用无形的能量盾抵挡住攻击，靠着翅膀轻易地飞起。
其中一只腹部茧里的使徒幼体似乎是塞路尔，在闪烁的瞬间就将焦点炸掉的极强力光线接连炸毁都市武装区域，十字形的光柱直冲天际。
这波攻势让都市丧失了七成攻击机能，都市地图型情态板的南侧几乎变得通红一片。
「我的天啊……」
「CP呼叫绫八，先别立刻反击！挨到那种攻击，那怕是射击哨的重装甲也撑不了一发，目前先躲起来，等到关键时刻再加以狙击。」
『F型零号机收到。』
驹岳射击哨遵照指示静观其变，接着塞路尔载体发现了飘在空中飞行的超级EVA。
■薰来访
——人类……想得到……翅膀，却不被允许得到——
卡特尔的声音不停地向超级EVA发出讯息。
「所以要惩罚得到了翅膀的人吗？你们自己长着翅膀就无所谓吗？」
——人类为何不能飞翔？是要我们等到死后再飞的意思吗？
——是因为你们会获得解放喔——
「……！薰？」
「咦？你刚刚说了什么？」
真嗣没有回答摩耶的疑问，反而向她询问起在意的问题。
「会不会是指令的最佳化作业适得其反了啊？」
摩耶困惑回道：「可是不这么做，就无法让超级EVA认定机翼是自己身体的器官喔。」
「就是这个，装上机翼后的感觉还是跟只有四肢的时候一样，机翼到底是手还是脚？总觉得超级EVA一直在问着这个问题……」
「……说下去。」
「我有试着透过超级EVA摸索答案，但这好像不是能够整合的东西。所以想试着暂时恢复成F型初号机的领域产生格式。」
「这么做会摔下去喔。」
「没问题的，只是摔下去的话不会有事的。」
「敌人就在眼前耶？」
「现在这样跟气球没两样呢。」真嗣朝她笑道，是哪来的自信啊……
摩耶在LCL里叹了口气敲打键盘后，真嗣以肌肤感受到集中在特定部位上的绝对领域一口气扩展开来。
——解放就是指这么一回事吧。
就在这时，超级EVA被塞路尔载体的强力光线击中了。尽管超级EVA的绝对领域承受得住攻击，却被命中时的冲击炸飞，无法控制地在空中飞舞着。
「呃！」要不是液体驾驶舱，就算超级EVA毫发无伤，人也会被刚刚的冲击给压烂。
尽管摩耶被吓得魂飞魄散，但真嗣却有着其他感觉。
——变敏感的绝对领域传来刺烫感——不是因为刚才受到的庞大热量冲击，而是更加纤细、遥远、锐利的……
——它确实正在看着自己——
真嗣感受到黑色巨人阿尔玛洛斯的视线。比这惊人的攻击还要强烈的视线——
心情激动起来，超级EVA与真嗣的心跳愈来愈快。
■战翼展翅
当在空中被塞路尔的光线轰到更高处的高空时，散发着柔和光芒的羽翼消失，超级EVA就跟摩耶提醒的一样开始背部朝下坠落。
当三半规管向摩耶告知事态紧急，让她险些忍不住放声大叫时，真嗣突然开口问道：
「这跟靠知识与技术飞行有什么差别？」
「咦？」摩耶看向真嗣……他在发抖？不对，是他紧握住操纵杆的手抖个不停，就像在用力压制着什么似的——会是什么？
真嗣就像呐喊似的接着问道：
「这……这跟登山——盖高楼层建筑物，有……有什么差别！」
「真嗣？你在说什么啊？」
他就像在忍受着什么似的回道：
「这家伙，要是不跟它争论这些来制止它的话，就要被弹开了……！」
「？你到底是……」
「看……看着前面，别扭到脖子——大浪来了！」
——轰！
就像被海啸从背部拍打一样。
过饱和溶入LCL的气体在冲击之下瞬间分解成大量的细微气泡，让插入拴内变得雪白一片，看不见自己的手！当循环系统的水流如风一般的吹开气泡时——
「超……超级EVA，开始战斗〈Engage〉！」
敌人就在眼前，是长着翅膀的天使载体。当注意到应该还有约六公里的距离瞬间消失时——
敌人已逼近到连长枪都没办法使用的距离内——
——就算真嗣想踢开它，但实在是靠得太近也太快了——
然而，右膝却传来撞碎某物的抵抗感。超级EVA右膝上的强袭膝甲捕捉到真嗣想攻击的目标，将载体的头部连同接着的胸部一起撞烂。
似乎很难受的摩耶表情惊讶地看着整个过程，但不知为何，真嗣觉得摩耶的动作看起来非常缓慢。
「才……才一招就……！」
「瞬间移动了五﹒八公里耶。」
在NERV总部指挥所这里，超级EVA以笔墨难以形容的冲刺激起的冲击波撞击到设施装甲墙，巨大的声响与震动把所有成员都吓了一跳，并在力量衰减后继续撞上外轮山脉，在火山臼内部不断引起回音。
「……太厉害了。」
然而，每当人类加深对EVA的理解，翻开新的篇章时，就总是会出现更让人无法理解的新问题，地面的观测摄影机捕捉到超级EVA拖着一道长尾巴留下异常航迹的影像。
「只是扩大绝对领域形成歪曲场与空间相位光的话，是不可能变成这样的，这和假设中的现象不同啊！」
有如花纹般的光带一路延伸，并仿佛开花似的不断展开。
无视于指挥所的担忧，真嗣感觉自己正逐渐掌握运用机翼的诀窍。现在也能做到接近模拟训练时的机动——除了异常的瞬间加速。不过是习惯了吧，意识与身体开始配合着这种速度做出反应。就像一直有着一股强大力量推着背部的感觉，尽管还称不上随心所欲……
「说不定有办法了——摩耶小姐，请再忍耐一下。」
——其实在意识模糊的摩耶眼中，真嗣在操控EVA时完全没有动作，就连在跟摩耶与其他人对话时都没有张嘴，而是透过控制台的水中扬声器发声，他在这段期间内僵硬得跟石头一样，这并非比喻，而是事实，真嗣本人直到战斗结束后才得知这件事。
冬二——他也缓慢地询问真嗣。是要询问在空中留下光纹航迹的事。
「怎 么—— 啦
真 嗣 —— 那 是 啥 啊 ！」
经由通讯也知晓司令室正乱成一团，怎么了吗？大家看到了什么吗？
真嗣也感到只有自己与超级EVA待在不同的时间流速之中的危机感，但要说是快感还是亢奋感？让他感到刺激的这些感觉远远胜过了不安。
——解开绳结的人类姿态——不再受到束缚而满溢出的人类本性——
遥远而无原罪的——
「薰？好好说明啊！」
——小心，开启纵轴Y的人类能扩大到无远弗届——
会无法回到人类的容器——大地的束缚同时也是安全装置喔——
头部与胸部被扯下的载体尚未完全停止活动。
不过拖曳着光之尾的超级EVA就像是停不下来一样，保持着同样的速度横越天际，将目标换成下一个敌人。
载体在空中摇摇晃晃地改变方向，设法追上超级EVA，但动作变得迟钝的载体，身上的能量源——QR纹章就在这时被一个尺寸微小，但带有庞大能量的粒子以光速贯穿了。
射击线来自围绕着芦之湖与第三新东京市的箱根山火山臼中央，位于箱根山驹岳上的射击哨，绫波操控的F型零号机以跟右手结合的领域侵攻枪「天使脊柱」开始狙击。后续射击也击溃了其余的QR纹章。那架载体还来不及揭露茧中使徒幼体的真面目就坠落大地。
随后，超级EVA就以站姿拖曳着光纹飞行，并在燃烧天际的航迹更加耀眼的瞬间，再度消失在视野中，只留下了划破大气的冲击——操控超级EVA的真嗣这一次有做好准备，举起EVA EURO II的长枪，而迎战的另一架载体也展开护盾严阵以待——两者之间的距离瞬间消失，长枪的十字枪尖猛烈刺在第二架长着翅膀的天使载体护盾上。
「喔喔喔！」矛与盾猛烈撞击，天使载体的护盾挡下了超级EVA的新力量——不过，长枪却连同护盾一起压凹下去。
同时也是护盾发生源的一座QR纹章承受不住压力破裂，不过还来不及变回结晶体就被压烂，喷洒出有如血液般的鲜红液体。真嗣用长枪——轻易贯穿失去一座能量源而变薄的护盾——狠狠刺向载体的喉咙并贯穿到背部，让超级EVA推着它往天空冲去。
「！是阿米沙尔吗！」
载体茧中冲出二重螺旋缠住超级EVA。
螺旋形成尖端，刺在超级EVA的心跳声中心，高次元宇宙之窗、中央三角上——螺旋之蛇就像吞下某种巨大物体似的鼓起一部分——每当超级EVA的心跳声响起就会从高次元宇宙汇入的能量奔流着冲进阿米沙尔体内，让它鼓胀起来。尽管螺旋想逃离，超级EVA的左手却紧抓着它不放。鼓胀到性状情报崩坏的阿米沙尔就在这瞬间内爆，像不稳的陀螺轴心一样摇摆不定，在喷出猛烈强光后化为一个黑点。
当超级EVA用左手将那个黑点捏碎后，真嗣就感到一股惊人的力量流入体内。超级EVA顺从着满溢而出的力量，将刺在还活着的载体上的长枪向前高举，维持着速度大幅转向。
这时摩耶已经昏过去了，但这说不定是件好事。让她不用看到心爱的各种算式被打乱的瞬间。
——希丝转述着。
「人类的本性……业——没有尽头……永无止境，贪得无厌……是将一切吞噬殆尽——的存在。」
即使阿米沙尔载体还活着，却被超级EVA高举起来当成盾牌，防御塞路尔载体所发射的光线，等到抵达塞路尔身旁时，接连受到光线攻击的阿米沙尔载体已被炸掉四肢，变成一团奇怪的肉块。
真嗣在从那团肉块上使劲拔出勉强未被破坏，让这具濒死身躯活下来的QR纹章后……
——就顺着这个动作旋转一圈——
越过塞路尔载体刺出的锐利带状手臂，直接将QR纹章砸在对方的护盾上。
双方的QR纹章在判定对方是自己人的瞬间解除护盾，让超级EVA闯入攻击范围内，而不知何时抛开长枪的超级EVA就用手上枪械的握把底板，将塞路尔载体的其中一座QR纹章往内侧敲碎！并在枪械经过塞路尔面前时，把回旋的枪管刺进其中一只眼里开火。
————砰砰！
KEG46R大和改，不是运用电磁粒子光学的能量武器，而是将上个世纪最大的巨大舰炮重建使用的动能武器。当一吨以上的弹体以约两倍音速贯穿后颅部时，另一只眼还来不及发光，整颗头就从内侧炸开，只留下脸部的装甲。
卡特尔吟咏着。
「以补完方式……解开罪之轮的测试……实验已结束——失败了……要准备等待新的试管来临……这个世界将遭到重整——没错，碇同学，一切都已经结束了……当你在三年前毁掉补完计划时。」
在将塞路尔无力飘荡的带状手臂当成缰绳扯住后，超级EVA就站在不断坠落的载体身上。无法挣脱的载体就这样被踩着加速落下，有如陨石般坠落在火山臼的西北方外侧。
西北方的山脉对面砰地扬起巨大飞尘，大地震鸣。当超级EVA从山脊对面登上山峰现身时，指挥所的众人尽管欢声雷动，但内心里却是惊恐不已。
——变成不得了的怪物了——
超级EVA在将单手抓着的塞路尔载体所剩的最后一座QR纹章改用双手握住后，就像拧毛巾似的将其捏碎。
■捕食
F型零号机击落的有翼载体掉到第三新东京市市区的南端，芦之湖的湖岸上。尽管失去头部与胸部，QR纹章也遭到破坏，而且还似乎在坠落时遗失了使徒幼体的茧——但F型零号机以天使脊柱进行的狙击并没能成功破坏掉最后一片QR纹章，当操控0·0EVA变异体的卡特尔发现载体时，它还在地面上痛苦挣扎着。
「成为我的身体吧。」
双方的QR纹章同步似的闪烁后，0·0EVA变异体开始吸收载体的身体，被分解的载体身躯沿着变异体刺进体内的右手伽马射线雷射炮的电磁场聚焦导轨蠕动爬升，融入EVA的体内。
美里就在0·0EVA的左手指间看着这个奇怪的分解重组过程。
带着甘甜香气的风……在抵达这里之前看到了好几根盐柱……看来只要跟EVA在一起就能避免盐化作用，待在0·0EVA手掌上的美里就算想逃走也束手无策。卡特尔看着她。
「明明是流着丰沛蜜汁的应许之地——却连靠近也没办法，还真是讽刺呢。」
融合完毕的0·0EVA卡特尔机，身上的QR纹章变成两片并长出变成黑色的载体翅膀，随后哗地展开双翼，吹开周边的物体飞上天际。「……奇怪。」卡特尔念道。
「碇同学，你明明飞得这么开心，我却一点也兴奋不起来……还以为能有什么收获呢——」
升空后的0·0EVA变异体立刻就被指挥所侦测到，正当逃过破坏的部分都市武装设施对准它时，日向突然喊道：
「不行攻击！美里小姐……葛城总司令ID通行证的反射讯号在那上头！」
真嗣在未经操作的扩大视觉后，看到卡特尔的0·0EVA左手上抓着什么东西，光是这样他就知道那是谁了。
「超级EVA呼叫CP，已确认过了，是真的！」
摩耶看到真嗣用自己的嘴巴说话。看来那个不可思议的硬化状态似乎解除了——
「卡特尔！你打算对美里小姐做什么！」但他好像没注意到自己的异变。
『美里有她自己想做的事。』
「咦？」她说这是美里小姐自己的意思吗？
0·0EVA变异体拍了拍翅膀后，就穿过让载体出现的通往另一个世界的窗口。
空中的超级EVA再度展现惊人的加速度，不过当他冲刺时，窗口也早已消失，就只是从被炸得千疮百孔的火山臼上空飞越，让冲击波扩大地表上的惨状。
冬二下达让VTOL准备起飞的指示后，就离开到最后都没有坐下的位置。
「我两小时……不对，一个半小时后就会回来，状况就用文字向我的装置报告吧。」
「！这种时候你要去哪里……？」
猜不透代理副司令行动的日向问道。他到现在才好不容易克制住因为美里被带走而乱了手脚的自己。
冬二——朝脱离恍惚状态，靠在椅子上一脸不满的小不点零No.希丝瞥了一眼后，环视起归还中的EVA情态板、中甲板的工作人员、下甲板的工作人员，还有指挥所内部。
混乱尚未平复。
「我要去恳求那位先生出马。」
——日向恍然大悟。
「事到如今才要拱那位已经隐退的先生出来，只会显得我们太无能了。」
冬二将他就连待在指挥所也敞开着，露出底下衬衫的上级人员制服穿好，胸前的拉链直拉到衣领。
「坦白说，组织运作已经达到极限了，现在需要的是能避免让NERV JPN分崩离析的栋梁之臣，能够担任顾问的那位先生。」