同一时间，在东京湾这边……完成“再起动”程序的BEGATOPIA量产型机甲巨兵军团，已开始对海中展望台发动总攻击。
数十架机甲巨兵纷纷朝着海底发射飞弹，海面上溅起一道道滔天巨浪，碎裂的水泥石块也从海中飞散而出。
‘看样子面对多国联军即将发动的侵攻，我们总算是顺利赶上了……如此一来，BEGATOPIA学徒兵确定全员死亡。他们及敌对少女的相关资料档案，这些贵重的知识已全部归我DAIMON所有。’
机甲巨兵轻声说道，不过却有一记飞弹，由背后飞向那架出声的机甲巨兵头部，并成功加以破坏。
‘怎么回事？’
机甲巨兵们回头观望，只见一架涂着鲜艳粉红色的机甲巨兵……KOKOTAN屹立于大地之上。
‘那是KOKOTAN吗？它不是跟我们一样，同为量产型机甲巨兵的一份子吗？为什么它竟对我们发动攻击？难道它失控了？’
‘不，错了……有驾驶员坐在驾驶舱里面！’
机甲巨兵们议论纷纷，而驾驶舱里面的心奈，则露出冷静沉着的表情，一边观察它们不知下一步该采取何种行动的窘态，一边伸手拨开修长的双马尾。
“我听见这几句话了喔，蠢蛋们。你们接下来会说出‘为什么学徒兵还活着啊？’这句台词喔。”
‘为……为什么学徒兵还活着啊？’
“耶~猜对了猜对了。机械的思考模式根本没什么了不起，说穿了就是单调兼毫无变化可言。就算我抢先说出你们原本想说的话，你们也不会想到要以其他台词来取代。是否只有活生生的人类，才会拥有这种所谓的反骨精神、还是俗称调皮捣蛋的感觉呢？”
‘为什么学徒兵还活着啊！’
“你们还真的只会问同一个问题呢。听说你们为了独占资料档案，而企图杀死我们是吧？我们岂能让你们如愿以偿……就让我来回答这个问题吧。因为同伴不顾生命危险，赶回来通知我们，让我们有充份的时间可以完成面对这场战争的事前准备。也就是从滚落在荒野当中的诸多量产型机甲巨兵身上，卸下所有堪用武器的时间！”
KOKOTAN开启身上所有飞弹发射孔，宛如施放烟火一般击发飞弹。置身于KOKOTAN附近的机甲巨兵，一口气被飞弹炸毁，化作一道爆炎所形成的火圈。
于此同时，地面上也有飞弹发射升空。原来是学徒兵们趁机甲巨兵重新启动之前，事先搬出飞弹，并以废墟里的大楼遗址取代炮台，为的就是要在机甲巨兵来袭时，给予迎头痛击。
“很好，就照这个样子继续发射飞弹！”
及时赶回的轮人，连一路上被风吹乱的发型都懒得整理，就此对学徒兵们发号施令。笙子则出声对很卖力搬运飞弹的航说话:
“喂，小子。你年纪还小，大可逃到安全的地方去啊，你还只是个小学生而已吧？只有国中生以上的学徒兵，才需要留在此地战斗。你快点避难去吧。”
“可是它们来到这里，不是也打算杀死像我这样的小孩子吗？”
航依旧展露出有点气焰嚣张的表情及语调，开口回答笙子。
“既然如此，即便我只是个小鬼，也非参与战斗不可。就算是死，也要在此阻止它们的破坏行动，否则不仅我会丧命，甚至大家都会被它们所杀，不是吗？因此我好歹也得自己顾好白己这条命才行吧。此外，这样四处逃窜总是会让我感到颇为火大啊，我会觉得自己好像被看扁了似的。”
航脸上带着坚强的笑容，边说边将飞弹装进炮台。笙子则颇为傻眼地耸了耸肩。
在对机甲巨兵展开激烈攻击之时，只有翔独自一人跌坐在即席炮台的地板上，脸色铁青且表现出一副惊慌失措的模样。
“喂喂喂喂……！有没有搞错啊，眼镜猴！”
“你不觉得擅自替他人取了个不具人格的绰号，是一件很没礼貌的事吗？如果真要取绰号的话，麻烦请称呼我车神好不好？毕竟我可是比预定时间还快上五小时，便已抵达东京了呢。”
轮人相当得意地调整了眼镜的位置，翔则猛然从地上起身，怒气腾腾地抓住他的胸口:
“这战争是怎么二回事啊！为什么我会置身在这种状况当中啊！”
“既然你都上了我的车，那也由不得你啰？”
“这样我根本没机会也没空杀你嘛！况且那颗定时炸弹！不是也差不多快要爆炸了吗？”
“喔，你说这玩意儿啊？”
轮人一派轻松地拆下一直绑在他腰间的定时炸弹。
“老实说，我也不晓得这玩意儿的正确设定方法。我向来对附有按钮的相关物品十分没辄，虽然我个人非常喜爱像车子这类较偏类比仪表风格的机器……不过说真的，我连使用录放影机的※预录系统功能都从来没有成功过呢。”(译注:一种预约录影模式，能够透过输入易录码，使录放影机自动于指定时间启动，并开始录影程序，且在节目录影完毕后自动关机。)
“你说什么——！枉……枉费我还对你所抱持的必死觉悟，产生了那么一丁点的感动！”翔从轮人手中抢走定时炸弹。当两人正在争执不休之时，一架机甲单无趁隙接近他们。就在这个时候，定时炸弹面板上的一个小盖子应声脱落，翔的手掌又刚好不小心地触碰到盖子下面的红色按钮。
“哔哔哔哔哔……”
尖锐的警告声随即响起，翔愕然看了定时炸弹一眼。只见数位仪表板当中的数字，正以迅雷不及掩耳的速度持续朝着零递减。
“哇！我好像开启了什么机制的开关！”
“快点丢掉它！现在马上立刻把它丢出去！”
两人急急忙忙地将定时炸弹丢出去……丢向立于两人面前的机甲巨兵……
轰隆——伴随着一阵剧烈的爆发声响，机甲巨兵立时遭到炸毁。轮人及翔则露出惊讶的神情，彼此互看了一眼。
“哎呀呀——我说翔先生，你似乎是不自觉地发出宣战布告了喔。事已至此，我也不能就此放任你自己一个人逃离此地。所以啦，就拜托你搬出你最拿手的不入流枪法，努力开枪迎战吧。”
“你这混帐东西！如果我还能活下来的话，我发誓一定会宰了你！”
翔虽然一直对轮人恶言相向，但面对机甲巨兵毫无间断的猛烈攻势，他还是挺身应战，并使用从机甲巨兵身上拆下的机关枪开始还击。
至于在上空，KOKOTAN则是持续对付着迎面而来的机甲巨兵。
‘真不愧是世界排行榜前十名的高手，明明只是个乳臭未干的小女娃，居然有办法阻止在数量上占了压倒性优势的机甲巨兵接近自己……不过，她的资料档案全都在我里面。只要模拟其行动模式，事先预测她的下一步行动，我就必能获胜。KOKOTAN……在BEGAME的对战模式当中，擅长使用主动强悍的进攻手法。然而她毕竟只是个小女娃，自从来到BEGATOPIA并开始接触实战之后，她的攻击就变得十分缺乏积极性。这表示她很爱惜自己的生命，那么我只要使出全军攻击的手法来威吓她，等她企图逃亡、转而背对我之时，我再瞄准燃料管线这个唯一的弱点展开攻击……便可结束她的生命！’
机甲巨兵团一起对KOKOTAN发射飞弹，但是……心奈却未转身逃亡，她反而驾驶机甲巨兵，冲向迎面而来的飞弹群。
‘什么？她的举动竟与模拟的结果完全不同……！’
“在KOKOTAN之中，还隐藏着你所不晓得的资料档案。所以我绝对不会输给你！”
‘这怎么可能！你们这群机甲巨兵驾驶员的所有资料档案，已全数储存于我DAIMON的记忆体当中了啊！’
“错，你并不知道……你应该将‘我喜欢哥哥’这项资料档案输入你的记忆体当中才对！我之所以会击坠修拉，是因我以为哥哥惨遭她杀害而引发的盛怒情绪所致。当时，我并未转身逃亡，这次自然也一样！”
‘当……当时吗……？糟糕……这项资料档案太过新颖，导致它并未输入DAIMON之中。因为大门军造在记忆备份储存之前就被炸死，导致出现了一段资料空窗期……！’
“哥哥吩咐要我保护大家，我就会舍命保护大家。因为我重视哥哥的程度，更胜于重视我自己的生命！所以……”
心奈将KOKOTAN的油门阀全部打开，速度瞬间爆增。自动追踪飞弹虽一致朝着KOKOTAN飞去，但因为KOKOTAN的速度较快，使心奈得以抢先穿越飞弹所形成的包围网。而无法煞车的飞弹群，就此互相撞击并引爆。瞬间过后，KOKOTAN已矗立在一架机甲巨兵面前。心奈用安装于KOKOTAN手腕部位的火箭炮，抵住机甲巨兵的驾驶舱部位，击发出一记飞弹。
“所以……不要阻碍人家谈恋爱啦！”
由于飞弹是在炮口与敌方机身紧贴的状态下发射，因此弹头并未遭到机身装甲弹开，飞弹笔直地刺进机甲巨兵的体内，随即引发爆炸。面对其他敌机接着发射的飞弹，KOKOTAN也以华丽的动作轻松避开，并一一加以击坠。
“真不愧是心奈！”在一旁只出一张嘴，催促学徒兵们替炮台补充飞弹的恰克，边说边抬头仰望着KOKOTAN。
就在这个时候……一阵与飞弹爆炸声截然不同，听起来更加凝重低沉的爆炸声响彻云霄。
轰隆隆……大地产生晃动。连上空的空气都跟着摇晃起来，原本飞行于空中的机甲巨兵们，宛如遭遇到滔天巨浪的船只一样，一架一架翻覆坠落。学徒兵们也因为无法站稳，而匍匐于地面上。恰克则是以相当尖锐的声音大叫:
“这……这是地震吗？不过状况却有点不太对劲！”
“这阵声音……是超低周波。虽然人类的耳朵完全听不见，但却可透过宛如触摸到大太鼓一般的皮肤触感来感知。以音波传递的密度来判断……音源乃是位于西边。”
笙子闭着双眼，边以五指触摸地面边说道。
“西边？”
恰克转头望向西方。在地平线的另一端，可清楚看见有一片紫色烟雾高高地喷向天际。
“那……那是什么玩意儿啊？”
在这阵激烈摇晃当中，恰克对眼前光景感到匪夷所思。只见它眼睛睁得老大，甚至连它仅剩的一颗眼珠子都差点掉出来了。同一时间……露夏娜等人也从佛生山一路向东方前进。
“露夏娜！你看那边……！”
修拉边飞边指着前方。看见紫色烟雾正不断窜升至天际﹒露夏娜不禁皱起眉头。
“她们已经破坏富士山了吗……！”
“破坏富士山？这代表……时空隧道已经开启了吗？”
“没错。在佛生山，时空隧道是靠着陨石坑所形成的重力异常现象而开启。而富士山乃是日本境内最高耸的山脉，高耸的山脉下方，通常都相对存在着一个探入地壳深处的‘地根’。如果只将这类地形露出于地表之上的部位炸毁，便可以人为手段创造出规则极大的重力异常现象……我们战姬花了整整三年的时间，持续推动这项计划。破坏日本全土之后，我们在核能发电厂等设施当中一点一滴地收集材料，已成功制造出大量的核子弹。”
“那么……一切都来不及阻止了吗？”
被露夏娜抱在手中的静矢，神情不安地转眼望向东方。露夏娜则对他摇了摇头。
“不，只要能够阻止战斗航空母舰完全通过时空闸门，事态便还有挽救的余地……！”
“那可不一定喔？”
一阵低沉的声音传入耳中，露夏娜与修拉全身为之一震。
只见其余十名敌对少女由空中飞行而至，并团团包围住静矢等三人。蓝发的伊=恩朵拉指着露夏娜，以极为严厉的声音开口怒斥:
“碧=露夏娜！我已将你擅自采取的行动，一五一十地报告给其他同伴知情。你不仅带着修拉回到未来，现在居然还想阻止战斗航空母舰的来到？你那如寒冰一般的理性究竟跑哪去了！你真的疯了吗，碧=露夏娜！我们众人做出一致决议，要剥夺你的领队职位！”
“战姬们动身离开了原先的岗位？难不成……时空隧道已经……？”
露夏娜的脸色顿时化为铁青。而在这片紫色烟雾当中，全长超过一公里以上巨大战斗航空母舰正缓缓现出其身影。另有无数架究极机甲巨兵.合成兽如同守护者一般，绕着舰身周遭来回飞行。
“那就是战斗航空母舰……！它的身形实在过于巨大，我们战姬所具有的战斗力，确实完全无法与之匹敌……！”
露夏娜倒抽了一口气。仅凭自己与修拉两人之力……不，即便其他十名敌对少女也愿意拔刀相助，也根本没有机会战胜眼前这可怕的敌人。光是靠近舰身，便会招致在其周边守护的数万架合成兽之攻击……说不定在此之前，只要稍微接触到包覆着战斗航空母舰那看起来如同黄金薄纱般的电子云防护罩，大概就会在瞬间化作黑炭吧。
(而且……以现今人类所拥有的武力，势必无法获胜……)
露夏娜边飞边再次倒抽了口气。察觉不对劲的静矢，顿时转眼看着露夏娜。“露夏娜……你现在在想些什么？”
“修拉！”
露夏娜将抱在手中的静矢抛向修拉，修拉急忙接住静矢的身体。
“这里交给我来处理，你快与静矢一同前往BEGATOPIA。就算真能阻止战斗航空母舰，但只要DAIMON还留在这世上，未来就不会产生任何改变。你们要趁着四次元回转仪成功开发问世之前，将所有为了备份档案资料，而设置存在于世界各地的DAIMON断片全数破坏殆尽……去改变未来吧！”
“你想阻止战斗航空母舰？明眼人一看都知道，光凭一名战姬之力，根本毫无胜算可言！露夏娜，你到底打算做什么！如果你真打算采取什么行动的话，就让我也助你一臂之力吧！”
面对放声大叫的修拉，露夏娜只是轻轻摇了摇头:
“修拉，你好歹也该给我一个机会，使我能够尽一下当姐姐的义务。此外，你们与DAIMON之战，八成会形成一场长期抗战吧。再加上与多国联军之间的战事，虽说你们拥有那名叫心奈的机甲巨兵驾驶员，但只凭她一己之力，实在令人感到不安。你们还需要一名坚强的领导者……而静矢，正是这个国家最需要的领导人才。因此……我需要有一个人，能够将他平安无事地送回学徒兵们的身边。他拥有足以跨越漫长战事的精神力、积极求生存生命力、以及纵然用手枪子弹贯穿自己的脑部，也要设法回到同伴身边的责任感、胆识与无懈可击的智慧……”
露夏娜一边飞翔，一边目不转睛地凝视着被修拉抱在手中的静矢，静矢的心头顿时为之一震。因为露夏娜正在与他及修拉诀别……他已明确感受到她所抱持的觉悟。
“我个人也十分希望视你为领导者。当我这样一路观察着你所发挥的生命力，你却在不知不觉中，支配了我的心灵……”
没有半句道别的话语，也不见握手及拥抱的动作。露夏娜只是很理所当然地改变行进方向，朝着战斗航空母舰笔直飞去。
其他十名敌对少女，则慌慌张张地转身追赶露夏娜。
“站……站住！你打算做什么！”
“伊=恩朵拉！我们这样丢下雅Ⅱ修拉不管，真的没关系吗？”
“碧=露夏娜绝不会采取任何毫无胜算可言的举动，缦=玖修莉！既然她展开行动，就表示她真有办法阻止战斗航空母舰！我们绝不能让她得逞，不能让她毁了我们花费三年时光所准备的计划！像雅=修拉这种次级品，我们日后还有很多时间能够慢慢处置她！”
目送她们为了追赶露夏娜而离开此地之后，修拉继续往东方飞去。静矢则脸色苍白地转头望向修拉。
“修拉……露夏娜到底打算做什么？我们得回去阻止她……就此放任她离去，这样真的好吗？”
“那个顽固的家伙，根本只会把我所说的话当成耳边风，就算我说再多也没用。”
“那你又有何打算？”
“我将继承露夏娜的遗志，因为刚刚露夏娜说过，要我守护你。”
修拉淡然回答的声音，听起来相当冰冷。但是她的双眼却泛出泪光，紧咬在一起的嘴唇则微微颤抖不已。
“我记得很清楚……我记得在竹取老翁家所度过的每一天，我也记得我见过名为天武的大王。我拥有在WOMB里面成长之时，由DAIMON灌输进我脑海深处的诸多知识。我也怀着DAIMON希望将日本培养成一个富强之国的观念……因此我将统一日本所需的‘五大秘宝’，传授给天武大王知晓。分别是佛陀石钵、蓬莱玉枝、火鼠皮衣、龙首宝珠，以及燕子安贝……详细解释的话，‘佛陀石钵’即为寺庙……也就是‘透过宗教所进行的思想支配’；‘蓬莱玉枝’乃为结实累累的金黄色稻米……也就是‘农耕技术’；‘火鼠皮衣’乃是以烈火精炼而成的金属盔甲……也就是‘军事力量’；‘龙首宝珠’则为支配人民的王权象征……也就是‘领导魅力’。最后一项‘燕子安贝’，即是把自中国南方的南燕国所采集到的珍贵贝壳当成钱币使用……也就是‘货币制度’。”
露夏娜朝着富士山飞去。此时，战斗航空母舰已完全通过时空隧道，夸耀着其威武的容姿。露夏娜转身面对紧追而来的敌对少女们。
“叫你站住，你听不懂是不是，露夏娜！吃我这记火焰！”
红色的敌对少女﹒玛莉=席，挥动身上所配戴的火焰宝剑。剑身与空气的摩擦，衍生出一道烈火，笔直喷向露夏娜，不过露夏娜却身形轻灵地避开了这一击。
(雅=修拉……其名在日本被传为阿修罗，在印度则为恶鬼亚斯拉、于希腊乃为光神阿胡拉，在古代欧洲则是拥有‘多产女性’之意义的大地母神娥苏拉，或是乌丝拉……曾以‘辉夜姬’之身分介入人类过去历史的你，所拥有的智慧已对全世界产生过一次深远影响。所以我才决定……将我们亲手破坏殆尽的这个国家，交托在你手上。你必须将‘五大秘宝’传授给静矢等人，并引导他们走下去……至于我，也将完成我所肩负的责任，将这一切全部送回未来……对于我不慎给予错误领导的战姬们，我必负起身为顶头上司应负的全责。想要同时将这一切全部送回未来，唯有这个方法可行……)
富士山的峰体彻底遭到破坏，地面上出现一个宛如大片土地被挖走的凹陷。而在这巨大凹陷旁边，则可看见宝永山。伴随富士山所遭受的严重破坏，宝永山这座原本依偎着富士山而存在的寄生火山，虽然也一同失去了大半峰体，然而据说因发生于江户时代的火山爆发，而被推高矗立于火山口的红色巨岩，则依然完好如初地伫留于原地。
围绕着战斗航空母舰的合成兽，也察觉到露夏娜的异常举动，而感到局促不安。‘这是怎么回事，碧=露夏娜？你不是已因着目睹静矢身亡而清醒过来了吗！无法预测……我无法预测你究竟在想些什么，也无法模拟出你即将采取的下一步行动为何！’
“你预测不到吧，DAIMON。不懂爱为何物的你，当然无法预知为爱而行动之人的心思意念。换句话说，你没有胜算可言！”
露夏娜对准红色巨岩，打开身上所有飞弹发射器。只见飞弹如同烟火般散开，击碎这块宽达数十公尺的红色巨岩。因江户时代的火山爆发而隆起的巨岩一遭到炸毁，其下方造成这块巨岩隆起的主因……也就是灼热的岩浆，立刻发出震天怒吼。
‘我无法预测！我不懂，你到底打算做什么！我为何无法理解……我可是全知全能的存在、也是最伟大的DAIMON啊！’
DAIMON的绝对自信彻底崩溃，所有合成兽一同发出惨叫声。看见滚烫的岩浆，一路追赶露夏娜而至的敌对少女们顿时目瞪口呆。
“这……这是什么状况？她究竟有何企图……？”
在她们众目睽睽之下，露夏娜俯身冲向岩浆。
(好怕……现在的我，确实感到十分害怕。因为得到‘心灵’，也会连带得知名为‘恐惧’的情感。那么……这代表拥有‘心灵’之人，都相当软弱吗？错！与其永远不知恐惧为何物，我更情愿在得知恐惧之后，更进一步加以克服！这才是人类尊严，这才是在无可撼动之信念上开出美丽花朵的勇气！而唯有爱与自尊，方能赐与勇气更多力量！此时此刻的我，比任何人都还像是一个人类……！)
置身灼热火山口之中的她，打开了全身上下的飞弹发射器。
“喔喔喔喔喔！”
高温热气窜进开启的发射器之中，将安装于发射器内部的所有飞弹全数点燃。下一瞬间，宝永山的山体宛如汽球一样快速膨胀，随即发生大爆炸。
轰隆隆隆隆……！爆炸声令空气产生剧烈震动。而原本利用炸毁富士山所开启的时空隧道，因为加入了另一波新产生的重力异常现象，使时空隧道原有的引力均衡状态遭到破坏。就如同位于佛生山的时空隧道，因为被露夏娜重新开启而吸走湖水一样……眼前这条时空隧道，展现出十分惊人的力量，开始吸收存在于周边的所有物体。
‘无法预测……无法预测啊————”
一边发出极为不甘心的惨叫声，战斗航空母舰、无数架合成兽，以及敌对少女们……全都被吸入时空隧道之中。
紧接着，熔岩也逐渐从刚刚喷火的火山口溢出。随着熔岩所累积的厚度持续增高，时空隧道的开口也变得越来越小……熔岩所形成的新生山脉，使重力异常现象获得改善。
静矢目睹了这一切，并露出一脸茫然的神情。“修拉……露夏娜她怎么了？”
面对被抱在自己手中，身体边颤抖边开口询问的静矢，修拉如此回答.
“露夏娜完成了她的责任。为了将战斗航空母舰与战姬们全部送回未来，并同时封锁时空隧道，她只能采用那种非常手段。为了对自己所领导及教育的战姬们负起应负的责任，她也无法痛下杀手除灭她们。因此……她唯有牺牲自己。只能抱着未来必能有所改变的期待，将希望寄托在你身上。”
“牺牲……我再问一下，露夏娜她怎么了？”
“在我们心中，并没有害怕死亡的念头。然而，我们却很害怕失去所爱之人。露夏娜及我……都学到了这件事。”
“不要撇开话题，修拉！露夏娜她到底怎么了！”
修拉未再做出任何回应。只是……或许是刚刚被火山爆发喷向天际，导致火山灰啪啦啪啦地从天而降，夹杂于其中的银白色羽毛，轻轻飘落在静矢身上。
静矢抬头仰望着这道从原本为富士山脉座落之处袅袅上升的烟雾。在修拉一路朝东方飞行的这段期间，他只是目不转睛地注视着烟雾。或许是因为他一直眺望着天际上方，才导致眼泪不听使唤地夺眶而出……最后……一切都结束了。
熔岩花费整整一周的时间，累积成一座高度将近三千公尺的山脉，彻底堵住了时空隧道。
修拉及时赶抵奋力与量产型机甲巨兵进行战斗的学徒兵们身边，并单枪匹马击退了所有敌人。轮人虽然很讶异她尚存活于人世，但由于他们彼此对再次重逢都感到有点难为情，所以两人在过了一星期之后，才能够好好地闲聊一番。
至于心奈的母亲原本活着，却为了救心奈而舍身成仁一事……轮人打算在一切事务都安定下来之前，暂时先瞒着心奈。
BEGATOPIA正处于蛰伏不动的状态。若想改变未来，势必得把留有DAIMON意识于其中的所有事物彻底加以歼灭。为此，首先必须详细得知BEGATOPIA内部构造等相关情报才行。少年们的战争，现在才刚揭开序幕。
多国联军登陆日本的时间，也分分秒秒地不断逼近。不过他们却也对KOKOTAN的活跃，以及修拉的存在抱持着高度警戒。于是各国除了互相牵制，甚至还为了让自己的国家立于更有利的地位，而暗中派人前来进行私下协商交易。学徒兵们便一边与各国进行交涉，一边灵巧地游走于世界权力平衡之中，并努力设法让日本能够再次以主权独立国家的身分树立起来。
至于小海豚MARINEJET，则是利用翔所找来的货柜车将它送回大海。根据开车前往迎接MARINEJET的轮人与翔所言，佛生山的陨石坑湖如今已恢复原有的平静，时空闸门似乎也早已被关上。大概是DAIMON因为已开启了位于富士山的时空间门，而决定封锁佛生山的时空闸门，以防有人趁机入侵未来吧。换句话说……由过去通往未来，以及从未来回到过去的时空闸门，已全数遭到关闭。
学徒兵们为了逃避BEGATOPIA的追击，而藏身于富士树海之中。此处不但水草丰富，苍郁茂盛的群树枝叶又可反射电波，可以助学徒兵们避开来自空中的侦测。告知众人可来此避难之人，正是修拉。他们与BEGATOPIA之战还会拖上很长一段时间，想要真正完全消灭能够无限复制自身存在的DAIMON，毕竟不是一件简单的事……不过学徒兵们都很清楚，若无法完成这项目标，就无法改变未来……面对即将到来的长期抗战，他们也早已做好心理准备。
学徒兵们将树海的一部分开垦成农地，并在树海内定居下来。他们虽然只知道在BEGATOPIA接触过，完全利用电脑管控的室内栽培法，不过修拉回溯DAIMON植入其脑海深处的自身回忆，将各式各样的农业技术传授给他们。相信到了秋天，正如“蓬莱玉枝”般的稻穗上，必能结出沉甸丰满的稻粒……
在开垦农田时，KOKOTAN也发挥了相当大的功效。而将坏掉的量产型机甲巨兵修理好之后，原本并非机甲巨兵驾驶员的少年少女们，也纷纷开始学习变为便利工具的机甲巨兵之操纵方式。看见静矢等人建设的丰饶村庄，周边的村落也派人提出请求，希望他们可以派人前往指导农业技术……村庄的人口不断增加，总有一天会变成乡镇、化为都市，最后再次形成一个国家吧。辉夜姬传授给日本的五大秘宝，正是“富国强兵”的必要条件。每个人都可以清楚感受到，日本再次以国家自称的日子已不远矣……
身为领导者的静矢，也过着忙得不可开交的每一天。需要考量的事情实在太多了、需要面对的敌人也实在太多了。纵使战姬们已从这个时代消失，但多国联军的船舰与间谍，以及同为日本人所犯下的彼此夺取、抢劫及诈欺等恶劣行径……真要细数的话，简直没完没了。而这一切都需要妥善加以管理不可……静矢已经累坏了。因为必须重建日本这个国家、必须引导守护学徒兵们……这样的责任感一直存在于静矢心中。他真的累坏了……而自从露夏娜消失以来，很快地就已经过了一年。在这座位于富士树海之中的小村落里，学徒兵们正努力地耕种农田。KOKOTAN则负责拔除早已枯萎的农作物残株，并将旧农田开垦成新农地。平时开垦农地，发生战争时则率先上阵应战……其魁梧身影，简直就跟出现在古老神话当中的巨人一模一样。实际上，村里确实也有些学徒兵将KOKOTAN当成神明来敬拜。在一切都已退化至等同于原始时代水准的现在，或许又有一则全新的神话即将诞生也说不定。此外，全新的辉夜姬传说也将于此展开……
“笙子！西边的农田已经开垦好了喔！”
在夕阳西下的树海中，心奈自KOKOTAN的驾驶舱滑回地面，快步朝着在木材组装搭建而成的简便小木屋前面，起火煮着一个大号铁锅的笙子身边跑去。而扮演着守门犬角色，在小屋附近来回走动的恰克，一看见心奈便箭步冲上前。
“总算是等到你回来了，心奈！来来来，我们一起吃个点心吧。喂，笙子，还不快点帮心奈倒杯茶。”
“你活腻了是不是啊？”
笙子边抖动脸颊，边从锅里舀起一瓢热水，泡了杯将蒲公英根部剁碎之后，再煎炒制成的咖啡。心奈用双手端着这个以黏土捏制而成粗糙杯子，喝光杯中的咖啡。
“谢谢……修拉她还在执行哨戒任务吗？”
“嗯，班长也陪着她……据说，最近由于这一带也变得较为丰饶，被其他村落给盯上了。
静矢虽然居中折冲协调，不过似乎没啥进展可言……”
西方天际还留有些许夕阳余晖，而在苍蓝黑夜缓缓接近的东方天际，则有一轮赤色月亮缓缓攀升。今天的月亮看起来特别巨大，又散发出宛如鲜血一样浓稠黏腻的赤色月光。心奈有点害怕地皱起眉头。“赤色月亮……我最讨厌了。总觉得看起来过度鲜明，给人一种很可怕的感觉。”
“那是因为它还很靠近地平线啦。就如同夕阳会变红一样，月亮也会变红……之前因为受到富士山火山爆发的影响，导致还有大量火山灰悬浮于大气之中。”
笙子才刚说明完毕，恰克马上十分认同地猛点头。
“对啊，心奈。不用在意不用在意……满月原本就是看起来会令人觉得特别不舒服的玩意儿啦。不过，红色满月会随着其高度的逐渐攀升，而像是出淤泥而不染的莲花一般，缓缓受到净化……或者说是如同外观原本跟一般土块没两样的钻石原石，在经过研磨之后，就会摇身变为无色透明的亮丽钻石一样……绽放出清澈透明的光辉，所以只要再过不久，月亮就会变得不再可怕了。别太过在意啰。”
“这样啊……原来今天是满月……”
心奈突然睁大双眼。
“那也就是说……哥哥又跑去那个地方了吗？”
心奈以带着落寞之意的双眼，凝视着过去被称为富士山的新生山脉。由熔岩冷却凝固，甫成型不久的黑色山壁。因其身影巨大，而蕴酿出更骇人的气息。笙子有点犹豫不决地面露微笑，对心奈点了点头:
“静矢原本就是个独行侠，但现在他却得统率学徒兵并居中协调，背负起相当重大的责任，想必他心中一定累积了不少压力才对。只因为他父亲．大门军造是个政治家类型的人才，而导致他继承了这方面的才能……说来也实在分外讽刺就是了。”
听见笙子所说的这番话，心奈很伤心地低着头，修长的双马尾轻轻拂过她冰冷的脸颊。
“那边说不定还会再发生火山爆发……那里明明很危险。难道有笙子及轮人学长的陪伴，还是不够吗？还是无法……取代她吗？”
“哼！”在心奈脚边喝着水钵里所装清水的恰克，脱口发出相当不屑的声音。
“那个混帐东西，居然让这么可爱的心奈如此担心他！心奈，等他回来之后，我会为你狠狠咬他屁股一口！”
“这个嘛……我只能说事情大概比你我所想的都还要复杂吧。毕竟在静矢跟露夏娜之间，似乎存在着远超过我们所知道的历史……或者该说是深厚的联系啊……”
“笙子学姐，我心中一直有一个想法，我很希望露夏娜快点死掉，也曾下定决心，一定要亲手击坠她……”
心奈用双手环持着这个被她喝干的杯子；杯中咖啡被喝光的杯子，在心奈手中逐渐失温冷却。对这绝不可能再度变暖的冰冷温度感到寂寥的心奈，不禁潸然泪下，眼泪也一滴滴滚落至杯中。
“可是现在……我却希望她还活着。
她会……变成你的情敌喔？”
“纵然如此！”
心奈抬头望着露出担心神情的笙子。泪流满面的她，十分用力地摇着头。
“纵然如此……只要露夏娜还活着，我就还有机会对抗她！只要等到我长大，说不定会变成一个让露夏娜望尘莫及的大美女啊！我妈妈以前也是个很漂亮的女性耶！可是……她却在留下那么美好的回忆之后，迳自离开人世……这样未免太卑鄙了吧！我怎么有办法跟回忆对抗……我根本没有胜算可言嘛……其实我……其实我……也很希望能够从旁支撑着哥哥的心灵啊……看见哥哥如此悲伤，我也会觉得很难过啊……露夏娜，你实在太狡猾了，你怎么可以抢走哥哥的心，然后见好就收呢……”
心奈双手捂着眼眶，哽咽地哭了起来。一旁的恰克，也只能不知所措地舔着心奈的脸颊。
“心奈，你别哭得这么伤心啦。其实我也一样啊，看见你泪流满面，我也会觉得很难过啊。我真恨自己只是一只小狗，根本无法帮上你任何忙……”
笙子叹了口气，转眼望向过去曾被称为富士山的那座山脉。
一缕纤细的紫烟，自山顶飘向天际。那是静矢所点燃的狼烟……为了探测过去出现在富士山上空的时空隧道，是否还留有些许空隙，每到满月之夜，静矢就会动身前往富士山顶点燃狼烟。这种每个月的固定行事，至今已持续长达一年以上……静矢抱着‘搞不好她当时只是随着火山爆发，一同被带回未来也说不定’的期待，希望能藉此找回露夏娜……因此，他由衷盼望可以发现时空隧道，抑或是这一缕经由时空隧道，飘向未来世界的狼烟，能够为露夏娜所看见……
(其实我也一样，说什么非得继续注意将一颗心全留在露夏娜身上的静矢不可、又不得不一设法帮心奈加油打气才行，可是又为了坚持己见而无法像心奈一样，坦率地说出自己真正的感受……此时也只能等待时间漫慢治愈这道心伤，我们所有人，都因为知道了爱的真义，而拥有一颗脆弱的心。不过，人类将会不断成长，而且我相信，唯有等待有朝一日克服悲伤之后，人才有资格称之为人。虽然大刺剌地搬出这套逞强的说词……然而现在连我……也都还觉得很难过就是了……)
山风自富士山上吹落，笙子她那被太阳晒成赤褐色的头发，则不断接受着夜风的轻拂。此时，少年独自一人伫立于山顶。
将刻意背上山顶的枯木叠好之后，点火引燃。在黑暗之中，燃烧的火炎微微闪烁摇晃。静矢则目不转睛地注视着眼前这道火炎。
在这不见任何人影的山顶，唯有他独自一人伫立于此。他听不见任何声音，连露夏娜的声音也听不见，周遭只剩夜风所带来的飒飒风声。冰冻刺骨般的冷冽寒风，毫不留情地割划着静矢的身体。在空气较为稀薄的山顶，群星绽放出更加明亮夺目的星光。看起来正如同刺透人心的锐眼一样，不留情面地从天上直瞪着静矢。
“大门并未爱过任何人，所以就算得永远孤单一人伫立于山顶，他八成也不会为此感到害怕……但是，同样的情境却足以使我毛骨悚然。要我独自一人永远在此等待，实在令我难以忍受。根据竹取物语的记载……曾向辉夜姬求婚，并交换过盟约的帝君，在辉夜姬回到月亮之后，便登上富士山顶，将辉夜姬离去时所赠与的长生不死药烧掉……但就当事人，修拉的说法，所谓长生不死药，只是一些利用未来知识所制成的药物罢了……当时的帝君，或许也与我一样，抱持着完全相同的心情。现在的我能够理解，帝君是为了传达‘长生不死药只会带给我永远的孤独，我唯一需要的……就只有辉夜姬而已……’这个想法，才动手烧掉长生不死药。而我究竟……该等待至何年何月才行呢……”
无人回答这个问题，只有眼下的云朵，像天使之翼一般雪白辉煌。下山之后，充满战乱的每一天将再次来临。静矢知道，这一场与DAIMON及BEGATOPIA为敌，以未来为赌注的永无止境之战，正等待着他去面对。人类终有一天能够跨越悲伤……这点他也十分清楚。因为不是别人，正是露夏娜教导他领悟这项真理……即便坠入失去母亲及故乡的绝望深渊，人类依旧能够重新振作起来……无论置身于多么令人绝望的黑暗之中，仍然可以寻得一丝希望之光，并毫无迷惘地勇往直前、奋力求生……如今，静矢对于人类所拥有的坚韧意志深具信心。
但现在，他只能独自一人立于山顶……胸中只怀着与少女相关的所有回忆，少年独自一人伫立在这荒凉寂寥的孤独峰顶。唯有这一缕幽烟，缓缓被吸进并未回答任何问题的孤高天际。突然……
烟雾轻微晃动了一下，静矢鹜然举首仰望。
上升的烟雾，确实产生了晃动。并一边旋转，一边被吸向位于头上的一点，也就是绽放出透明光辉的满月之中。这与过去他在佛生山陨石坑湖畔所目睹的光景极为类似。
“难不成……！”
静矢大大睁开双眼，他看见一对银白色的羽翼，出现在满月的光芒之中。
静矢的直觉告诉他……这就跟当时一模一样。记忆宛如走马灯一般带他回溯过去，让他清楚回想起那一天，两人在故乡池畔首次相遇的情景。
只不过，现在与当时截然不同，因为少年已有所成长。当时他只能感到惊恐惧怕，然而现在，少年已经可以张开双臂，用尽全力去拥抱……他的‘命运’。
少年宛如作梦般，轻声呼唤着她的名字。他的双手，也感受到一股确切的重量。而他的‘命运’，则在少年那变为十分结实强壮的双臂之中，展露出迷人的微笑。
旋转飘散的紫色烟雾，如今再次恢复平稳，并笔直地升上天际。而满月……则在无边无际的黑暗之中，如同一丝希望一般，照亮了整片大地。